In Halle geboren, wurde Scheidt zunächst Hilfsorganist an der dortigen Moritzkirche, bevor er sich von 1607 bis 1609 bei Jan Pieterszoon Sweelinck in Amsterdam im Orgelspiel schulte. Unter Markgraf Christian Wilhelm von Brandenburg wurde Scheidt 1609 Hoforganist von Halle. In den folgenden Jahren arbeitete er mehrfach mit Michael Praetorius zusammen, der in Halle Kapellmeister war. Durch seine umfangreichen Kenntnisse im Orgelbau wurde Scheidt zu etlichen Orgelabnahmen berufen.

Nach 1620 werden die Sammlung Cantiones sacrae, Concertus sacri und schließlich auch die Ludi musici veröffentlicht, von denen ein Teil als verschollen gilt.

Mit 40 Jahren heiratete Scheidt Helena Magdalena Keller. Mit ihr hatte er sieben Kinder, von denen nach einer Pest-Epidemie 1636 nur zwei überlebten. Mit der Flucht seines Dienstherrn vor Wallensteins Truppen 1626 wird Scheidt arbeitslos. 1628 ernennt die Stadt Halle Scheidt zum Director Musices für die drei großen Stadtkirchen. Er verlor jedoch schließlich kriegsbedingt sein gesamtes Vermögen und erhielt nur ein Armenbegräbnis.

1892 wurde Samuel Scheidts Tabulatura nova als Band I der Reihe Denkmäler deutscher Tonkunst bei Breitkopf & Härtel vorgelegt. Beim Deutschen Verlag für Musik erschien später die Gesamtausgabe der musikalischen Werke und bei Breitkopf & Härtel wiederum Harald Vogels Urtext-Neuausgabe der Tabulatura nova.