Durch den Wechsel vom Katholizismus zum Calvinismus war Sweelinck als Organist nur bedingt an liturgische Aufgaben gebunden. Der Dienst als städtischer Organist ab 1578 bot ihm eine für die damalige Zeit ungewöhnliche künstlerische Freiheit.Sein Ruhm als Organist verbreitete sich in ganz Nordeuropa nicht zuletzt durch seine Unterrichtstätigkeit. So kamen nicht nur junge Organisten aus dem Ausland, sondern auch arrivierte Persönlichkeiten wie Jacob Praetorius und Samuel Scheidt nach Amsterdam, um Orgelunterricht zu erhalten.

Sweelinck komponierte zunächst zahlreiche Vokalwerke, bevor er sich mit über vierzig Jahren der Claviermusik widmete. Sein Vokalwerk besticht durch höchst virtuose Polyphonie und war bereits zu Lebzeiten durch Drucke weit verbreitet.

Sweelincks Claviermusik nimmt einen herausragenden Platz im frühen 17. Jahrhundert ein. Sie erscheint wie ein Spiegel der europäischen Musik dieser Zeit, einzigartig in ihrer Vielseitigkeit und im Erfindungsreichtum der Formmodelle, Themen und Figurationen. Sweelinck schuf eine neuartige Form von Instrumentalpolyphonie, indem er die kontrapunktische Verfeinerung seiner Vokalwerke auf die Claviermusik übertrug. Ebenso neuartig waren Wiederholungsstrukturen in der Figuration. Dies hatte zur Folge, dass Formen wie Toccata, Lied und Variation nicht mehr streng voneinander getrennt werden können.

Pieter Dirksen und Harald Vogel haben für Breitkopf & Härtel eine Urtext-Gesamtausgabe der Werke für Tasteninstrument vorgelegt. Sie liefert eine Übertragung in moderne Notation und bewahrt dabei die Eigenheiten der Quellen so weit wie möglich.