Obwohl – oder gerade weil? – seine Werke höchst originell und für die damalige Zeit unkonventionell waren, wurde er zu Lebzeiten vom sächsischen Hof in Dresden verkannt, für den er unzählige geistliche Werke schrieb. Man ernannte ihn dort lediglich zum Hofkomponisten und „Kirchen-Compositeur“.

Besonders Zelenkas Messen zeugen von einem innovativen Geist mit viel Gespür für Dramatik und einer kühnen Harmonik. Kein Wunder, dass der sechs Jahre jüngere Johann Sebastian Bach Werke Zelenkas in seiner Bibliothek hatte und den Komponisten schätzte. Heute rangiert Zelenka in der Kirchenmusik als ebenso eigenwillige wie autonome Größe neben Bach und Händel.

Die „Breitkopf Urtext“-Ausgaben von Zelenkas Messen und Litaneien gehen alle auf den Notentext der Denkmäler-Ausgabe „Das Erbe deutscher Musik“ zurück, der zum Teil für die Neuausgaben revidiert wurde. Die zahlreichen CD-Einspielungen zeugen vom großen Interesse an den Werken des böhmischen Komponisten Jan Dismas Zelenka.